针对小企业会计核算的特点，《小企业会计制度》在会计科目的设置和应用上，与《企业会计制度》相比作了较大变动，删减、合并或调整了一些会计科目。

　　相对企业会计制度来说，小企业会计制度删减了23个会计科目，分别是：资产类的“预付账款”、“应收补贴款”、“包装物”、“材料成本差异”、“自制半成品”、“受托代销商品”、“分期收款发出商品”、“长期投资减值准备”、“委托贷款”、“固定资产减值准备”、“无形资产减值准备”、“在建工程减值准备”、“未确认融资费用”、“待处理财产损溢”等14个科目；负债类的“预收账款”、“代销商品款”、“预计负债”、“应付债券”、“专项应付款”、“递延税款”6个科目；所有者权益类的“已归还投资”科目；成本类的“劳务成本”科目；损益类的“补贴收入”科目。

　　小企业会计制度合并、调整的会计科目有：将“应收股利”和“应收利息”科目合并为“应收股息”科目；将“原材料”科目改为“材料”科目；将“应付股利”科目改为“应付利润”科目。

　　需要注意的是，小企业也可以根据实际业务需要，设置“预收账款”、“预付账款”、“分期收款发出商品”、“受托代销商品”等科目，还可以将较少使用的科目适当合并，如将“低值易耗品”科目并入“材料”核算，将“生产成本”和“制造费用”科目合并为“生产费用”科目等。

　　小企业会计制度还将所有者权益类的“资本公积”、“盈余公积”和“利润分配”科目的部分二级明细科目作了删减和调整。在“资本公积”科目下删减了“股权投资准备”、“拨款转入”两个明细科目。在“盈余公积”科目下删减了“储备基金”、“企业发展基金”、“利润归还投资”三个明细科目。在“利润分配”科目下删减了“提取储备基金”、“提取企业发展基金”、“提取职工奖励及福利基金”、“利润归还投资”四个明细科目，同时将“应付优先股股利”和“应付普通股股利”两个明细科目合并为“应付利润”明细科目，还将“转作资本的普通股股利”改为“转作资本的利润”明细科目。